Объяснение символики герба
Знак атома символизирует находящийся на территории муниципального образования Курчатовский институт и комплекс других крупных научно-исследовательских институтов.
Щука в голубой главе щита символизирует древнее (XV—XVII вв.) село, а затем деревню Щукино. Деревня находилась на берегу Москвы-реки, в 1701 г. при ней числился пруд, богатый рыбой, и мельница на реке Химке. Древнее название деревни воплотилось в современном названии территории, а изображение щуки вошло в герб как гласный символ муниципального образования.
Флаг муниципального образования Щукино представляет собой двустороннее, прямоугольное полотнище с соотношением сторон 2:3.
Полотнище флага состоит из двух горизонтальных полос, верхней, голубой, шириной 5/24 ширины полотнища, и желтой.
В центре голубой полосы помещено изображение белой щуки. Габаритные размеры изображения составляют 1/2 длины и 1/5 ширины полотнища.
В центре желтой полосы помещено изображение знака атома черного круга, в окружении двух вытянутых черных колец. Габаритные размеры изображения составляют 1/2 длины и 7/16 ширины полотнища.